目前治疗脑干肿瘤的主要方法是手术加放疗和化疗的综合治疗。
由于脑干肿瘤的位置深，管辖着生命的重要功能，所以往往放疗和化疗等辅助手段效果不是很好，而手术治疗又困难重重，因为手术中稍有偏差可能就会损伤人体的重要功能，造成瘫痪、昏迷，甚至危及生命，所以脑干手术曾长期被视为“手术禁区”。
但是，从八十年代以来，我国神经外科事业的先驱王忠诚院士在脑干肿瘤方面做了非常多的工作，并且近年来，随着显微外科技术的不断发展，脑干肿瘤已不再是“手术禁区”，临床上对一部分脑干肿瘤已经可以实施有效的、精准的手术切除，术后给患者带来的影响降到最低。
不过，虽然脑干肿瘤目前已经不是“手术禁区”了，但是手术的难度还是非常大。因此在脑干肿瘤治疗上，医生还是会比较倾向于控制肿瘤，让肿瘤不发展，或者发展得慢一些，这样能够避免切除肿瘤后产生的昏迷，甚至是危及生命，对患者的生活影响小，也能让患者活得更好、活得更长。
此外，近年来兴起的精准靶向治疗、免疫治疗，这些新的非手术精准治疗方式，可能在将来也会给脑干肿瘤治疗带来希望。
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